Il decreto del 1 luglio 1949 con cui il Vaticano prevedeva la scomunica per i fedeli che si fossero in qualche modo immischiati con i partiti comunisti fu accompagnato in Cecoslovacchia da una circolare del 4 agosto inviata dall'arcivescovo Matocha ai sacerdoti, nella quale si davano istruzioni su come e se impartire i sacramenti nei vari casi che si potevano presentare. La lettera sollecitava il clero a discernere caso per caso prima di applicare la scomunica, anche se rimaneva una certa ambiguità: ad esempio, come si sarebbe dovuto comportare un sacerdote nel caso in cui un fedele a cui aveva rifiutato di dare l'assoluzione perchè membro del Partito, si fosse presentato a ricevere l'eucarestia? Avrebbe dovuto violare il segreto confessionale? O come poteva essere certo che non si fosse confessato da un altro?
Un caso che fece molto scalpore e venne sfruttato dalla propaganda comunista fu quello relativo a padre Alois Fajstl (nato il 14 maggio 1910), cappellano a Sebranice (prov. di Litomysl). Il 16 luglio 1949 egli fu chiamato nel vicino villaggio di Kaliste dalla 67enne Zofie Paclikova, gravemente malata di polmonite, per la confessione e l'estrema unzione. Saputo che era membro del Partito, Fajstl le chiese, in forza delle disposizioni vaticane, di dire "formalmente" che avrebbe restituito la tessera, altrimenti il religioso non avrebbe potuto impartirle i sacramenti. "Non appena il sacerdote - si legge nella successiva ricostruzione del tribunale - se n'era andato, Zofie Paclikova comunicò agitata alla figlia Zofie jr. che l'imputato aveva fatto pressione su di lei perchè uscisse dal Partito e che aveva concluso i riti solo dopo la sua dichiarazione. Lo stesso raccontò la sera al figlio Frantisek a cui chiese, in conseguenza della sua dichiarazione, di restituire alla segreteria locale del Partito la propria tessera". L'episodio si diffuse fra la popolazione e il 20 luglio la cellula locale del Partito convocò un incontro sull'accaduto cui venne invitato lo stesso sacerdote, il quale disse di essere legato dal segreto confessionale. Otto giorni dopo Fajstl venne arrestato e durante l'interrogatorio negò di aver discusso con l'anziana sull'appartenenza al Partito prima dell'inizio dei riti religiosi, e ribadì che comunque si trattava di segreto confessionale. Il 25 luglio la Stb di Pardubice passò la documentazione e il caso al ministero degli interni a Praga. Il 3 agosto padre Fajstl fu condannato per tradimento (par. 1, c. 1 legge 231/48) a 8 anni di carcere duro, con confisca dei beni e perdita dei diritti civili per 10 anni, condannato al risarcimento delle spese processuali e alla multa pecuniaria di 10.000 corone, perchè avrebbe oltrepassato il proprio ruolo religioso: "Ha utilizzato il decreto papale di scomunica, arma di una potenza straniera nemica, allo scopo di sovvertire il fronte Nazionale dei cechi e degli slovaccchi guidato dal Partito comunista, e ha cercato in questo modo di annientare o sovvertire il regime popolare democratico, e la base sociale e economica della repubblica, garantita dalla Costituzione". Vari testimoni depongono contro di lui dicendo che aveva agito sobillando contro il regime, diffondendo notizie non veritiere, e di essersi espresso contro le leggi scolastiche. "Il Vaticano - proseguiva la sentenza - usa tutti i metodi per annientare e rovesciare l'ordine politico, economico e sociale cecoslovacco…

Gli scopi reali del decreto di scomunica vengono camuffati lamentando una presunta oppressione religiosa nella repubblica cecoslovacca. Che si tratti di un'affermazione senza fondamenti lo dimostra la disposizione costituzionale del 9 maggio (parr. 15-17), dai quali emerge chiaramente che da noi la libertà di espressione religiosa, il suo espletamento e l'espletamento di riti religiosi sono garantiti dalla Costituzione".